Så fort man startat företag och har blivit godkänd för F-skatt innebär det även att man får ett ansvar att betala in skatter och andra avgifter. Följande skatter ska betalas av den som bedriver egen näringsverksamhet:
- Preliminärskatt: Något av det första som ska betalas är preliminärskatt vilket man själv ansvarar för att betala in. Hur mycket som ska betalas baseras på de uppgifter som lämnats in till Skatteverket. Därefter kommer Skatteverket med ett beslut i början av beskattningsåret där de avgör hur mycket preliminärskatt som ska betalas. Det kan vara svårt att göra en uppskattning av hur mycket man tror att man kommer att tjäna på sitt företag under året. Skulle det därför bli mer eller mindre än man tänkt sig är det viktigt att rapportera en ändrad preliminärskatt till Skatteverket. Risken är annars att man drabbas av kvarskatt.
- Moms, även kallas mervärdesskatt: På varje faktura ska man lägga på moms, vilket vanligtvis är på 25 % av beloppet som faktureras men det varierar beroende på vara eller tjänst. Moms är en form av skatt som inte påverkar ens företags ekonomi eftersom det är en summa som läggs på det ordinarie beloppet. Det räknas alltså varken som en kostnad eller som en vinst.
- Ifall man har anställt personal ska arbetsgivaravgift betalas till Skatteverket. Även om det heter avgift ses det ändå som en form av skatt. Avgiften ska den som är arbetsgivare betala för varje person som är anställd, utöver personens ordinarie lön. Hur hög avgift man ska betala beror på den anställdes ålder.
- Olika regler för olika former av företag: Vilken skatt man ska betala varierar beroende på vilken företagsform man har. Ett aktiebolag ska till exempel betala bolagsskatt för sin vinst i företaget. Andra saker som spelar in i den slutgiltiga skatten som ska betalas är bland annat jobbskatteavdrag, avsättning för periodiseringsfond och avgifter för anställda.